近日，食药监局宣布收回阿里健康的药监码运营权，另寻第三方机构。阿里健康也发布公告称正在推进移交工作。但药监码在阿里运营期间引发的争议仍在发酵。各类ISV（独立软件服务商）、药品企业指责阿里健康对药监码的运营方式涉嫌兜售商业核心数据问题。
2014年1月，阿里巴巴联手云锋基金，对原药监码的具体操作者，香港上市公司、中信集团旗下中信21世纪进行总额1.7亿美元（约合10.37亿元人民币）的战略投资，收购后者54.3%的股份，阿里巴巴集团持股38.1%，云峰基金持股16.2%。
2月23日，阿里健康发布长微博对收购后药品电子监管码网做出说明。阿里称自收购中信21以来，公司在持续亏损的状况下投入人民币近亿元对原有药品电子监管网基于云计算进行技术架构改造。并称心的数据平台帮助食药监局在2015年的检查中发现了大量回流药品，着重强调了药监码对假药的监管意义。阿里健康再次强调乐于见到更符合市场经济规律的药品溯源监管体系。
但财新记者了解，阿里健康虽为运营方，但食药监局并未以政府采购或者其他形式支付给阿里健康任何费用。而另一边，阿里接手药监码平台技术升级改造后已经开始推进以数据为基础的生意，阿里数来宝平台成为关键。数来宝作为阿里旗下的一家ISB（数据服务商）公司，给药企和ISV企业提供数据接口，向药品企业提供数据分析服务。一方面，数来宝平台向ISV收取接口费和年费，提供原始数据给后者开发数据产品。另一方面，阿里员工开始向药企兜售数据。各方也担心，阿里的在线医药售卖以及互联网医院项目因为阿里拥有数据会对行业造成不公平竞争。
一家在阿里数来宝平台运营的ISV企业负责人对财新记者表示，阿里健康仍在继续药监码平台的运营工作，在阿里数来宝平台运营的ISV企业也尚未收到任何停止业务的通知，仍在做药监码数据的分析和解读工作。但已有药企方面致电询问合作的可持续性，ISV企业也有担忧，“如果阿里全部退出，我们在数来宝平台交的接口费和平台费怎么办？关键是这个业务还怎么推广？”
阿里健康的股价在2月22日下跌14.29%。业内普遍认为，阿里健康的全部收入几乎都来自于药监码，药监码运营权移交，阿里健康的市场价值遭遇重挫。
向ISV收取数据接口费和年费
阿里数来宝平台又分为数来宝开放平台和数来宝服务平台。其中，数来宝开放平台面向所有药品生产、流通、批发和零售企业进行信息化对接服务。数来宝服务平台则是供生产企业授权ISV提供自有品种药品个性化定制数据服务的试点平台。
通过数来宝开放平台获得的药监码信息仅为“裸数据”，没有有效的信息关联意义。“开放平台上开放的信息都是原信息，全是数据，基本没有任何实质性意义。” 一家药品生产销售企业负责人对财新记者表示。
数来宝服务平台提供的药监码信息才是关键所在。“数来宝服务平台上的ISV企业会拿到阿里健康提供的药监码接口，对数来宝开放平台上的数据进行分析处理，最后得出有效信息。”上述在阿里数来宝平台运营的ISV企业负责人称，“想要知道药监码的重要信息，必须通过我们，我们也是给阿里交了很多钱的。”
根据阿里健康方面提供的信息，目前，ISV引入流程主要包括如下环节，企业推荐ISV申请入驻（ISV也可自行申请），申请后ISV在沙箱环境进行产品开发测试，产品审核成功后成为正式服务商，企业数据授权后并使用服务。
其中，数据授权环节是利益关键。上述在阿里数来宝平台运营的ISV企业负责人表示，对于ISV企业的准入资质，国家食药总局有相关要求，除达到硬性标准外，ISV企业还要获得阿里方面给与的“数据授权”。“由于阿里方面垄断了药监码的数据授权，接口费是强制缴纳的，即使通过资质审核，不交接口费，一样没用。接口费在10万左右，好像企业都是单独与阿里方面谈判，最后商定的价格并不一样。”
缴纳“数据授权”费用的ISV企业基本都聚集到了数来宝服务平台上。“又要缴纳平台费用，这个比较复杂，类似于淘宝网的驻店费，如果只是入驻，年费3万，如果需要首页推荐、明星产品推荐、首页广告，那就分别再算年费。” 上述在阿里数来宝平台运营的ISV企业负责人表示，阿里数来宝平台是目前唯一提供药监码服务的平台。“如果不入驻数来宝，药品生产销售企业就不信任你，所以这个入驻是必须的。”
阿里健康方面表示，目前注册并引入开发的ISV已经有30多家，产品审核通过，可正式提供服务的ISV有7家，这7家ISV均有企业推荐。目前平台已经核实通过了300多家企业，可以在平台查看自身数据，其中200多家在使用平台上的免费产品，40多家使用平台上ISV的产品。企业的数据经过书面授权后ISV才能向企业提供服务，并要严格管理相关的用户名、密码及使用权。
阿里健康方面给与的信息意味着，在核实通过的300多家企业中，通过数来宝开放平台免费查询自身数据的有200多家，通过数来宝开放平台授权第三方服务商提供药监码定制产品获得自有品种数据的有40多家。