历经多年研究，科学家们发布了一个庞大的数据集，详细描述了500多名患有急性髓细胞性白血病（Acute myeloid leukemia，AML）患者肿瘤细胞的分子组成。该数据集包括数百个个体患者的细胞如何在实验室中对一系列药物做出反应，为日后对于AML的研究进一步打下基础。
DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-018-0623-z
10月17日,《Nature》杂志以“Functional genomic landscape of acute myeloid leukaemia”为题报道了这项研究。
在美国，每年约有20，000人被诊断为AML。这种癌症始于骨髓的造血细胞，最常见于老年人，且在所有血癌中预后最差。
过去40年里，这种疾病的治疗进展一直停滞不前，60岁以上患者的五年生存率不到10%。尽管FDA已经批准了一些针对特定亚群患者的AML治疗，患者对这些治疗也有反应，但却经常复发。
另一方面，开发有效的AML治疗方法一直很有挑战性，因为导致这种疾病的分子因素在患者中差异很大。研究人员已经鉴定了至少11种AML基因，并在患者癌细胞中发现了成千上万种不同的突变。
遗憾的是，尽管靶向癌症疗法试图通过利用癌细胞特有的分子弱点来消除癌细胞，但该方法只针对AML具有正确分子特征的患者才有可能奏效。迄今为止，研究人员还没有一个明确的图谱指南来确定特定治疗的最佳方案。
“虽然我们对这种白血病了解了很多，但仍然有很长的路要走。”这一研究的通讯作者、俄勒冈健康与科学大学(OHSU)研究员Brian Druker说。
根据Druker介绍，最新这项研究拥有同类研究中最大的癌症数据集，其可以快速推进评估潜在AML治疗的临床试验。使用一个新的在线数据查看器，研究人员现在可以在几分钟内发现哪种靶向治疗对特定的AML细胞亚群最有效。“人们可以上网搜索我们的数据库，并能很快找到譬如‘这是一种好药物吗？’或者‘我的药物能在病人中发挥作用吗？’等问题的相关答案。” Druker说。
具体而言，这项新研究报告了BeatAML项目的初步发现，该项目正在进入临床试验。Druker团队包括11个学术医疗中心和11家制药和生物技术公司的合作者，他们收集并分析了562名患者的672份癌细胞样本，并评估了409个样本的肿瘤细胞对122种不同靶向治疗的反应。
“真正的力量来自于对所有数据的整合。” Druker说，“你可以分析什么药物有效，为什么有效，这是计划在最有可能出现反应的病人身上试验新疗法的临床试验的基础。”
通过描述AML患者数百份样本的新数据集，研究人员可以了解哪些药物对特定的患者群最有效。该图将ibrutinib的敏感性与肿瘤样本中发现的两种基因变化同时发生的敏感性联系起来（来源：Nature）
在他们的分析中，Druker和他的同事确定了一组三种基因突变，这些突变可能使AML患者受益于ibrutinib（FDA批准用于套细胞淋巴瘤[MCL]的靶向药）治疗。研究小组发现，携带这三种突变的AML细胞对ibrutinib的敏感性明显高于仅携带一两种突变的细胞。
需要指出的是，还需要临床试验来评估ibrutinib在这一组患者中的效果，但是将这三种突变与潜在的药物敏感性联系起来，展示了新数据集是如何帮助研究人员的。
“当我们分析数据时，我们才刚刚触及我们能做事情的表面。”Druker总结。
参考资料：
1）Vast leukemia dataset could help researchers match therapies to patients
2）Functional genomic landscape of acute myeloid leukaemia