薪酬制度是人力资源管理的一个重要环节，对于外企，制定适合中国经济、文化背景的、科学合理的有效激励方式，是吸引并留住人才的有力武器。
目前有相当数量的外企，特别是跨国公司总部在制定薪酬政策时，往往忽视中国与其他地区在薪酬环境上的差异，试图以总部的薪酬体系原样不动地搬到在华的分支企业来，因而往往存在着一些偏差。
在华外资企业的薪酬制度大致面临以下几方面问题：
组织发展阶段制约薪酬制度的完善程度
通常而言，外资企业在华投资的规模存在一个从小到大的发展过程，在企业业务的不同发展阶段，员工的数目、层级有着相当的不同。在进入中国市场的初期，往往规模很小，员工数目也很少，重要职位均由外籍员工担任。
在这一阶段，员工的薪酬制度多沿用总部或亚洲地区其他分支机构，尚未根据中国市场形成完善、成熟的薪酬制度体系；而当业务进一步发展时，员工数目开始膨胀，本地员工逐渐增加，由于业务调整的要求，内部组织结构经常处于变迁之中，此时最大的问题，是人力资源管理体系的建设及薪酬制度的完善程度相对滞后。
其实，外资企业进入中国，必须对薪酬体系的本土化建设要有较为长远的规划，应充分考虑到中国是一个相对独立的大市场，要避免因业务的发展而频繁调整薪酬体系，因为任何的薪酬波动都会无可避免地对员工心理和组织架构的稳定性带来冲击。
薪酬制度缺少连续性由于跨国公司机构庞大，其内部存在着复杂的组织层级关系，因此，为维系其有效营运，必然存在诸多授权关系，这种“委托-代理链”广泛地存在于跨国公司的财务、业务、行政关系中。具体到外企的日常营运，突出体现于绩效考评与薪酬间的扭曲。即对于公司的管理层而言，其接受上级的授权，以实现特定的绩效目标为目的进行工作，并获取被许诺的薪酬。
这些绩效目标在任职的一段时期（如一个财务年度）是确定的，并以若干的数据指标被描述（如销售额目标、同比增长指标等等），同时，完成或超额完成这些数据指标的收入是可预期的。这种做法被普遍采用，并被传统的管理理论认同。
然而问题是这些数据指标作为一种抽象的描述形式，并不能涵盖所有的绩效目标。这使得员工，特别是中高级经理人员以追求特定的指标来取代对绩效的追求，通过一定的商业方式来迎合、满足报表上的要求。为此，甚至不惜损害公司长远的利益，薪酬的激励作用因此被扭曲。
加之市场环境处于不断变化之中，而在一段时期内的“数字化”绩效目标又是确定的，这一问题就变得更加复杂。由此，如何制定切合中国市场环境的完善的绩效目标，并使得薪酬制度能够真正有效促使这样的绩效目标实现，就成为外企薪酬本土化进程中不可或缺的一环。
境外公司的整合对国内外企的影响
受国际资本市场购并风潮的影响，倘海外母公司进行重组，作为其在华的分支机构，无论是独资还是合资企业都无可避免地要进行整合。
研发、产品线、营销渠道等企业的各个环节都要历经深刻的变革再造过程，其中一个重要的环节是人力资源管理体系的整合，而其中的薪酬制度的调整又是最为困难的。
由并购引发的薪酬制度再造的具体操作主要会涉及三个方面的内容：工资及奖金制度的调整、福利安排的调整和期权期股等激励制度的调整，由于受政府资本管制等方面的制约，基于境外上市公司股权为特征的可变激励机制，如期权期股等，尚无法在在华分支公司的中国籍员工中实现，因而薪酬制度的再造仅涉及前两方面内容。
对于并购的两家企业而言，其文化背景、价值理念上必然会有所不同，在薪酬整合过程中，两家企业不同薪酬体系在对内的公平性或对外的竞争性上肯定有相互冲突的一面，也就是说彼此间薪酬文化背景存在不可兼容性。
如果分属产业链中的不同位置，那么在内部公平性上的整合难度会比较大，因为两家企业内的人员、机构、职能往往迥然不同，难以进行比较；而如果过去两家企业是相互竞争的关系，那么两家企业薪酬体系中对外部竞争性的取向则会有很大差异甚至是完全对立的。
谋求兼并后不同来源员工的平等待遇，更多地是通过增加工资而非降低工资来达到。另外，在并购过程中为留住核心人才，往往会通过签订新的奖金方案或保留协议（也被称为“金手铐”，即企业承诺，如果该员工在企业的工作达到约定的期限将给予其特殊奖励）。综合这些因素，必须对整合薪酬体系所引致的费用增加有个正确的估计。
福利制度上的合并就更加复杂。为了顾及计划的连续性与成本的经济性（某些保险项目终止或调整后再重新启动新的方案的代价经常是高昂的），在合并后相当长的时期（甚至是员工终生）都沿用合并前各自企业不同的福利计划，仅对其中的差异进行补充补偿。